Mazo HES darbība rada daudzas un dažādas ekoloģiska rakstura problēmas. Jā, teksts ir garš. Bet arī problēmu ir daudz.

* Uzpludinājums iznīcina upes ieleju vairāku kilometru garumā -  izmainās dabīgā upes ainava, kas ir unikāla un  neatkārtojama vērtība. Zem ūdens nonāk, no bioloģiskās daudzveidības viedokļa, vērtīgākā sauszemes un ūdens dzīvās dabas daļa, kas atrodas gar upes krasta līniju un palienēs. Iet bojā biotopi, dažādu augu un dzīvo organismu dzīvesvietas un zivju nārsta vietas – applūst sēkļi, ar nogulsnēm pārklājas oļainās un smilšainas gultnes, degradējas upju biotopu daudzveidība.

* Uzpludinātajos upes posmos samazinās skābekļa daudzums ūdenī – gan tāpēc, ka, pieaugot ūdens temperatūrai, samazinās skābekļa šķīšanas spējas ūdenī, gan pastiprinātas eitrofikācijas rezultātā. Tas izraisa sugu kompleksa nomaiņu – izzūd augu un dzīvnieku sugas, kuru eksistencei nepieciešamas tīrs un ar skābekli bagāts ūdens, tās nomaina mazprasīgas sugas.

* Uzpludinājumos veidojas paaugstināts bakterioloģiskais piesārņojums.

* Uzpludinātajos posmos karstās vasarās bieži novērojama zilaļģu masveida savairošanās, t.s. ūdens ziedēšana. Tā rezultātā ūdenī nokļūst zilaļģu izdalītie toksīni, kas ir indīgi gan dzīvniekiem, gan cilvēkam.

* Līdz ar lielu atklātu platību veidošanos uzpludinātajā upes posmā un labvēlīgiem gaismas apstākļiem gaismu mīlošām ūdensaugu sugām, ūdenskrātuvēs strauji attīstās arī augstākie ūdensaugi. Tas izraisa strauju ūdenskrātuves aizaugšanu, kas, savukārt, negatīvi ietekmē upes floru un faunu, kā arī ekoloģiskos procesus upē.

* Ziemās ūdenskrātuvēs pastiprināti slāpst zivis. To izraisa uzkrājušos dūņu un atmirušo ūdensaugu atlieku pūšana, kas rada skābekļa deficītu.

* Bieži lejpus aizsprosta upe tiek padziļināta (bagarēta). Izbagarētais posms kļūst dziļāks, izzūd starpība starp piekrastes zonu un upes vidusdaļu, tiek iznīcināti ūdensaugi un biotops kopumā. Upju krastos tiek iznīcināta arī krūmu josla. Upe kļūst līdzīga lielam grāvim. Gultnes bagarēšanas rezultātā parasti cieš seklie un krāčainie oļainie posmi. Šādu upes posmu restaurācija ir ļoti dārgs pasākums un to pilnīga atjaunošana nav iespējama.

* Mazūdens periodā ūdens tiek uzkrāts ūdenskrātuvē un tas tikai periodiski tiek izlaists caur turbīnām. Uzkrāšanas laikā HES lejaspusē veidojas ūdens deficīts un upē tas nereti izsīkst gandrīz pilnībā. Rezultātā iet bojā vairums augu un dzīvnieku, kas apdzīvo periodiski izžūstošo upes posmu.

* Upes krasti regulāri tiek pastiprināti izskaloti. Izskalotais materiāls, pamatā smiltis, nosēžas uz gultnes, noklājot oļainos un grants upes posmus ar biezu smilšu slāni. Tiek pieskalotas arī zemūdens bedres, kas kalpo kā slēptuves zivīm, kā arī patvērums no spēcīgās straumes citiem dzīvniekiem. Savukārt, aizskalojoties oļainajiem posmiem ar nogulām, izzūd daudzas augu un dzīvnieku sugas, kas raksturīgas tikai šādiem biotopiem. Zūd nārsta substrāts zivīm un nēģiem un dzīvesvietas daudziem sīkiem dzīvniekiem, kas nespēj pretoties straumei bez paslēptuvēm, kas rodamas starp oļiem. Tie visi tiek aiznesti ar straumi pa upi lejup.

* Ūdens caurplūde upē periodiski samazinās. Rezultātā pasliktinās upes sanitārais stāvoklis, sevišķi ūdenskrātuves pusē.

* Ūdens līmeņa svārstību dēļ upes krasta līnijas ir nepastāvīgas. Gar krastmalu veidojas melna, dubļaina līnija, kura nespēj apaugt un stabilizēties, jo ūdensaugi atmirst un pūst.

* Krastmala kļūst par slazdu zivju ikriem un mazuļiem, kā arī sīkiem dzīvniekiem, kas, nespējot izsekot ūdens līmeņa svārstībām, iet bojā un sanitāri noslogo gan upi, gan ūdenskrātuvi.

* Straujas ūdens plūsmas no HES aizskalo zivju mazuļus uz vietām, kur tiem ir nepiemēroti dzīves apstākļi.

* Ūdens līmeņa svārstības izsauc krasta eroziju un nogruvumus.

* No ūdenskrātuves virsmas pastiprināti iztvaiko ūdens, kas samazina upes ūdenslīmeni un caurplūdi.

* Aizsprosts apgrūtina ledus iešanu upē. Tas var izsaukt neprognozējamu ūdens līmeņa celšanos uzpludinājumā, kā arī rada mikroklimata izmaiņas ūdenskrātuvē – ilgu ledus kušanu, pavasara aizkavēšanos, gaisa mitruma izmaiņas.

* HES aizsprosts kļūst par nepārvaramu šķērsli zivju nārsta migrācijās, tā rezultātā izzūd saimnieciski vērtīgāko zivju sugas.

* Tiek pārtraukta upes zivju sugu migrācija, kas notiek visā upes garumā un pietekās Vietējās zivju sugas veic nārsta migrācijas, mazuļu dzīves vietas parasti ir upju augštecēs, bet pieaugušie īpatņi dzīvo lejtecē.

* Upe tiek sadalīta fragmentos, veidojas ģenētiski atdalītas, izolētas populācijas, pazeminās populācijas kvalitāte.

* Zivju ceļi ir mazefektīvi. Teorētiski - ne vairāk kā 15% no ceļotājzivju kopuma pārvar aizsprostu pa zivju ceļu, pārsvarā – tikai līdz 5%. Pie tam, visi zivju ceļi ir selektīvi, tas nozīmē - pa lašveidīgo zivju ceļu neiet karpveidīgās zivis un nēģi.

* HES turbīnās tiek traumētas migrējošās zivis. Aizsargsieti un novirzītājžalūzijas ir mazefektīvi un grūti ekspluatējami. Liela daļa zivju mazuļu (pat līdz 45%) iet bojā, mēģinot pārvarēt aizsprostus.