Aļģes ir tikai aisberga virsotne - zem to virskārtas tiek nodarīts daudz nopietnāks kaitējums jūrai. Atmirušās aļģes patērē ūdenī esošo skābekli, tāpēc tā pietrūkst jūras dzīvniekiem un zivīm.

Lielā daļā Baltijas jūras nav skābekļa - dažās sezonās līdz pat 70 000 km2 jeb vairāk nekā sestā daļa jūras gultnes. Šīs teritorijas mēdz saukt par mirušajām zonām. Tie ir milzīgi jūras apgabali, kuros skābekļa bada rezultātā dzīvo vien atsevišķi anaerobi (tādi, kuriem nevajag skābekli) organismi.

Mirušās zonas galvenokārt radījušas pūstošās aļģes, kas sadaloties patērē skābekli - gluži tāpat kā jebkurš cits miris organisms. Liela nozīme ir arī Baltijas jūras ģeoloģijai un lēnajai ūdens apmaiņai - ar skābekli bagātais ūdens no Ziemeļjūras ieplūst Baltijas jūrā tikai cauri šaurumam starp Zviedriju un Dāniju. Šī iemesla dēļ pilnīga ūdens apmaiņa jūrā notiek aptuveni 30-50 gadu laikā.

Baltijas jūras vides aizsardzības komisijas (HELCOM) dati liecina, ka, ņemot vērā pārmērīgo barības vielu noplūdi, līdz pat 97% no Baltijas jūras cieš no eitrofikācijas. Kaut arī barības vielu noplūde tiek samazināta, līdz 2021.gadam  nav izdevies sasniegt to maksimāli pieļaujamo līmeni visos apakšbaseinos. 

Labā ziņa ir tā, ka ir atrasti daudzi no būtiskākajiem piesārņojuma avotiem un veikti ievērojami uzlabojumi, piemēram, pilveidojot notekūdeņu attīrīšanas iekārtas un risinot jautājumu par rūpniecības nozares notecēm. Šajos aspektos slodze uz Baltijas jūru ir mazinājusies.

Daudz grūtāk risināms jautājums ir lauksaimniecības mēslojuma noplūde no Baltijas jūras apkārtnes daudzo objektu un to izkliedes dēļ. Galvenie barības vielu ceļi ir piecas lielākās upes - Ņeva, Nemuna, Daugava, Visla un Odera. Paredzamā lauksaimniecības attīstība nopietni pasliktinās vides apstākļus visā reģionā, ja netiks īstenots barības vielu samazinājums Baltijas jūrā. 

Papildus problēma saistīta ar fosforu, kas jau ir nonācis Baltijas jūrā un tagad uzkrājas jūras baseina dziļāko daļu nogulsnēs. Anoksiski (bez skābekļa) apstākļi veicina fosfora izdalīšanos no nogulsnēm - tā saukto iekšējo slodzi - un tas, savukārt, veicina aļģu ziedēšanu, kuras, mirstot, nogrimst  un sadalīšanās procesā patērē skābekli.

Galvenais eitrofikācijas problēmu risinājums atrodams uz  sauszemes, izmantojot politiskas reformas un veicinot ilgtspējīgas lauksaimniecības un labas zemes pārvaldības prakses  attīstību.

Aptuveni 97% no visas Baltijas jūras ir pakļauta eitrofikācijai un lauksaimnieciskā darbība ir nozīmīga risinājuma sastāvdaļa. Lauksaimnieciskie procesi rada galveno barības vielu noplūdi Baltijas jūrā, tai skaitā apmēram pusi no visa piesārņojuma ar fosforu un slāpekli. Tas ir patiess izaicinājums apturēt barības vielu noplūdi tik lielā teritorijā un dažādās valstīs. Vēl jo vairāk tādēļ, ka lauksaimniecība  atšķiras no valsts uz valsti klimata, augsnes, ūdeņu un sociāli-ekonomiskajā ziņā. 

Par spīti visām problēmām, sadarbība ar lauksaimniekiem, ieviešot jaunas metodes, kas aiztur barības vielas un notekūdeņus uz zemes,  mēslojumu efektīvāka izmantošana un samazināšana, ir svarīgāka kā jelkad. Apņēmība rūpēties par vidi, aktīva zaļu un videi draudzīgu zemkopības metožu pielietošana palīdz saglabāt un atjaunot apdraudētās sugas, aizsargāt ūdenskrātuves, uzlabot augsnes un ūdens kvalitāti pie viena nodrošinot reģionu ar darba vietām un pārtiku. 

Daudziem lauksaimniekiem rūp daba un viņi bieži izvēlas videi draudzīgas saimniekošanas metodes. Tomēr nepieciešams mainīt lauksaimniecības politiku, lai tā apturētu masveida vides degradāciju. Lauksaimniecības sektora finansiālais atbalsts ir gandrīz puse no ES kopējā budžeta. Lauksaimniecības politika un subsīdijas ES zemniekiem jau ilgstoši  atbalsta saimniekošanu, kas noplicina dabu, traucējot lauksaimniecībai kļūt videi draudzīgākai. 

Pasaules Dabas Fonds veiksmīgi stadarbojas ar zemniekiem,  lauksaimniecības organizācijām un valdību, lai realizētu tos mērķus, kas izvirzīti starptautiskajos plānošanas dokumentos, kā piemēram -  HELCOM Baltijas jūras rīcības plāns, Kopējās lauksaimniecības politika (KLP), ES direktīvas.
PDF strādā ar ražotājiem, izplatītājiem un patērētājiem, lai popularizētu ilgtspējīgu pārtikas ražošanu un patēriņu. 

Esošā KLP izsniedz nozīmīgu finansējuma daļu lauksaimniekiem, neprasot no tiem īpašu ieguldījumu vides saglabāšanā. Ja šis atbalsts tiktu izmantots jau apstiprinātajiem un pieņemtajiem vides, sociālajiem un ekonomiskajiem mērķiem, mēs varētu ne tikai sasniegt šos mērķus, bet arī izglābt Baltijas jūru, kā ari lietderīgi izmantot nodokļu maksātāju naudu. Mēs uzskatām, ka subsīdijas jāizsniedz tikai tiem zemniekiem, kuri veic konkrētas darbības, lai samazinātu barības vielu nopūdi ūdeņos un saimnieko ilgtspējīgi.
PDF uzskata, ka pietiktu sekot tikai dažiem vienkāršiem principiem, lai esošā, noplicinošā politika kļūtu par videi draudzīgu un ilgtspējīga Eiropas lauksaimniecība būtu realitāte.